Tutti i progetti completi e senza difetti possono essere avviati direttamente a mano con  'Amministrare progetti'; o, in alternativa, si possono anche pianificare con 'Pianificare attività' affinché vengano successivamente elaborati al momento indicato. Infine, è possibile avviare il BatchDeduplicator anche con parametri a riga di comando affinché i progetti selezionati vengano elaborati. A tal fine, selezionare nella tabella della finestra di dialogo appositamente prevista uno o più progetti e fare clic sul pulsante di comando visualizzato. Apparirà il comando necessario per chiamare la riga di comando.

Se necessario, è possibile utilizzare i seguenti parametri per sovrascrivere o disattivare alcune delle impostazioni del programma principale e/o del progetto da elaborare:

• -file1=“<nome file>”: il nome file specificato con questo parametro sostituisce il nome file della prima tabella del progetto da elaborare. Il nuovo file/tabella deve contenere almeno tutti i campi dati utilizzati nel progetto in questione.
• -nobackup: se viene specificato questo parametro, quando si richiama il programma non viene creato alcun backup del file prima che questo venga modificato.
• -nolog: se viene specificato questo parametro, durante l'esecuzione del programma non verrà creato alcun protocollo.
• -noemail: se viene specificato questo parametro, quando si richiama il programma non viene inviata alcuna e-mail di notifica.
• -debug: Se viene specificato questo parametro, i messaggi di errore vengono visualizzati direttamente nell'interfaccia utente di BatchDeduplicator.