Tutti i progetti completi e senza difetti possono essere avviati direttamente a mano con 'Amministrare progetti'; in alternativa, il BatchDeduplicator si può avviare con parametri a riga di comando affinché i progetti selezionati vengano elaborati. Maggiori informazioni sono riportate in 'Parametro a riga di comando'. Nella tabella della finestra di dialogo appositamente prevista è infine possibile definire per i singoli progetti il momento in cui effettuare l’esecuzione. Le opzioni disponibili sono 'non eseguire mai', 'eseguire una volta', 'eseguire mensilmente', 'eseguire settimanalmente' ed 'eseguire giornalmente'. Se inoltre è impostata anche la spunta su 'attivo', il relativo progetto viene elaborato nel momento stabilito. Affinché l’elaborazione possa aver luogo, però, dev’essere impostata anche la spunta su 'Avviare il BatchDeduplicator all’avvio del sistema operativo'. In questo caso, sulla videata in basso a destra appare un picciolo simbolo di comunicazione che permette di chiamare il BatchDeduplicator.